Das Gymnasium Oberstufe umfasst die letzten zwei Ausbildungsjahre vor dem Abschluss mit der gymnasialen Matur. Diese berechtigt zum Studium an allen schweizerischen Universitäten und Eidgenössischen Hochschulen. Im internationalen Vergleich entspricht dieser Abschluss mindestens dem International Baccalaureate.

Im Verlauf der fünften Klasse werden das Thema der Maturaarbeit und das Ergänzungsfach für das folgende Schuljahr gewählt.

In der fünften Klasse schliessen die Schülerinnen und Schüler fünf Fächer ab (Bildnerische Gestaltung bzw. Musik, Biologie, Chemie, Geografie, Wirtschaft und Recht). Die Jahreszeugnisnoten fliessen in das Maturitätszeugnis ein (Wirtschaft und Recht als nicht zählendes Fach).
Das sechste Schuljahr trägt durch Ergänzungsfach und Maturaarbeit in besonderer Weise den persönlichen Interessen der Schülerinnen und Schüler Rechnung. Die Ergänzungsfächer sind durch die eidgenössische Gesetzgebung vorgegeben. Ebenfalls nur in der sechsten Klasse wird das Fach Kunst und Kultur unterrichtet. Diese Besonderheit ist unter anderem der Tatsache zu verdanken, dass die Kantonsschule Zug eine aussergewöhnliche Grafik-Sammlung beherbergt.