Noch nicht verrechnete Verlustvorträge im Zeitpunkt der Umstrukturierung können durch die natürliche Person innerhalb der gesetzlichen Verlustverrechnungsperiode für die Kantons- und Gemeindesteuerzwecke grundsätzlich zur Verrechnung gebracht werden, selbst wenn die bisherige selbständige Erwerbstätigkeit aufgegeben wird. Für die Bundessteuerzwecke setzt diese Verrechnung in Abweichung zur kantonalen Anwendung nach wie vor das Bestehen einer selbständigen Erwerbstätigkeit voraus.

Nach dem Kreisschreiben Nr. 5 der EStV vom 1. Juni 2004 können die noch nicht verrechneten Vorjahresverluste der übertragenden Personenunternehmung neu auf die übernehmende juristische Person übertragen und bei der Festsetzung des steuerbaren Reingewinnes in Abzug gebracht werden. Diese Praxisänderung beruht auf dem im FusG konsequent umgesetzten Grundsatz der Steuerneutralität auf Unternehmensebene. Im Sinne einer transparenten und gleichgerichteten Anwendungspraxis wird dieser Verlustübertrag auf die juristische Person auch für die Kantons- und Gemeindesteuerzwecke vollzogen.

Da bei Personengesellschaften mit mehreren steuerpflichtigen Teilhabern die nicht verrechneten Vorjahresverluste ganz verschieden sind (Verrechnung der Geschäftsverluste mit dem übrigen Einkommen, welches bei jeder steuerpflichtigen Person unterschiedlich hoch ist) können sich bei einer solchen Verlustübernahme auf Stufe juristische Person vermögensrechtliche Probleme ergeben. Die Steuerverwaltung des Kantons Zug akzeptiert für solche Fälle, dass die nicht verrechneten Vorjahresverluste bei der privaten Steuererklärung jedes einzelnen Gesellschafters zur Verrechnung gebracht werden können. Voraussetzung ist jedoch die diesbezüglich rechtsgleiche Anwendung für alle involvierten Anteilseigner.