Rektor, Prorektor und drei Schulleiter/-innen bilden zusammen mit dem Leiter Integrative Schule und der Leiterin der Schulentwicklung die Schulleitung. Diese ist mitverantwortlich für die operative Führung der Schule Menzingen. Unterstützt wird die Schulleitung in administrativ-organisatorischen Belangen durch das Schulsekretariat. Ebenfalls der Schule angegliedert ist die Musikschule, die Schulergänzende Betreuung und die Bibliothek.