Rektor, Prorektor und drei Schulleiter/-innen bilden zusammen mit dem Leiter Integrative Schule die Schulleitung. Diese ist mitverantwortlich für die operative Führung der Schule Menzingen. Unterstützt wird die Schulleitung in administrativ-organisatorischen Belangen durch das Schulsekretariat. Ebenfalls der Schule angegliedert ist die Schulergänzende Betreuung und die Bibliothek.