Die verschiedenen Schulhäuser in der Gemeinde Menzingen sind in drei Organisationseinheiten aufgeteilt: Kindergarten und Unterstufe, Mittelstufe I+II sowie Sekundarstufe 1. Jede dieser Organisationseinheiten wird von einer Schulleiterin oder einem Schulleiter geführt. Zusammen mit dem Rektor und dem Prorektor bilden sie die Schulleitung der Schule Menzingen.
Die Schulleiter sind für die operative, personelle und pädagogische Führung ihrer Organisationseinheit verantwortlich.

Romana Carrara, Schulleiterin Zyklus 1
Kindergarten
Unterstufe (1./2. Klasse)

Martin Suter, Schulleiter Zyklus 2
Mittelstufe I (3./4. Klasse)
Mittelstufe II (5./6. Klasse)

Rebekka Roth, Schulleiterin Zyklus 3, Leiterin Schulentwicklung 

Mattias Wyss, Leiter Integrative Schule